选择聚氨酯防腐涂料用颜料的基本原则是它们不和异氰酸脂基发生化学反应，同时具有很好的耐碱、耐酸和耐热性能。由于颜料的吸湿性和含有某些反应性基团，限制了许多颜料在某些聚氨酯防腐涂料配方中的应用，适用于聚氨酯防腐涂料应用的颜料可分为：

1、填充颜料

这类颜料具有很强的吸湿性，其中硫酸钙的吸湿性最大，而重晶石的吸湿性小。针状和片状填充颜料能有效的改善配方的稠度，并提高涂膜强度。由于它们的热膨胀系数较低，有时比树脂基料底好几倍，以致使磁漆涂膜的热膨胀系数小，所以能防止起皱。主要起填充作用的填充颜料，由于能起到散热的作用，所以可使放热固化反应升高的温度降低。

2、白色颜料

常用的白色颜料有金红石型二氧化钛、锌、钡白、氧化锑和氧化锌。

3、彩色颜料

在聚氨酯防腐涂料中常用的天然颜料有氧化铁红、锻烧铁棕、生黄土、锻黄土、生棕土颜料和锻棕土颜料等。

4、适用的有机颜料有甲苯胺红、耐晒红、立索尔红、永固红等，还有酞箐绿、酞箐蓝；黑色颜料有炭黑，氧化铁黑也可用。